Ubicado también en el centro histórico de Ingenio, este museo muestra en diferentes salas, la evolución histórica de la Villa desde el siglo XVI hasta la actualidad centrándose en el agua, protagonista de los orígenes de la misma como fuerza indispensable para mover el ingenio azucarero que le da nombre al municipio, pasando por todo lo que se desarrollaba a su alrededor: los cultivos, la fabricación del azúcar, los molinos, etc.

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El Museo del Agua y el Azúcar ofrece tres grandes zonas de interés: ​el molino de los López, el molino de los Díaz (incluyendo la casa de la molinera) y el molino de Antoñico Bordón (ubicado en el Parque Néstor Álamo).

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